Ich würde mir trotzdem die Reifen mal ansehe, ev. hat ja einer einen Höhenschlag, wenn fahrwerkstechnisch wirklich alles i.O. ist. Sonst wäre noch meine Vermutung das Luftfahrwerk genauer anzusehen.
Für deine anderen Mängel:
Wenn die Heckklappe rostet, und der Rost nicht von einem Steinschlag bzw. durch eine Beschädigung hervorgerufen ist, würde ich mal zu VW gehen und das reklamieren. Du hast 12 Jahre Garantie gegen Durchrosten.
Das AGR-Ventil ist leider systembedingt bei allen Dieseln das gleiche. Wenn da viel Kurzstrecke gefahren wird sammelt sich da Ruß an und es kann nicht mehr richtig schließen bzw. wird schwergängig. Da hilft auch kein anderes Fahrzeug, das ist bei allen modernen Dieseln egal welcher Fabrikation das gleiche...
MfG
Hannes